张玄和林清菡经历种种，互诉衷肠，终成正果。幸福而平静的生活向两人招手，殊不知暗藏的危险也终于露出了爪牙：神秘组织绑架了林清菡！ 林氏集团的软饭男，为了守护自己唯一的爱人，为了保护和她的平凡生活，终重拾昔日身份。那个曾让地下世界颤抖的男人——“地狱君王”，重出了江湖！ 无人知晓的地下势力纷纷浮出水面！有诡秘莫测的炎夏氏族，重出江湖！也有活在传说中的古武者向脆弱的世界，伸出了他们的饕鬄之手！更有流传千年的神秘组织，出现在世人眼前！他们所求之事虽各不相同，但同有一个共同的敌人：张玄！ 踏上征程的张玄对此一无所知…
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
这是一个灵气为王的世界，谁拥有吞天噬月的灵力，谁就是大主宰！ 大千世界，万道争锋。主宰之路，谁主沉浮？ 少年牧尘，资质卓绝，出生于北灵境九大域之一牧域。父亲是牧域之主牧锋，如今已是北灵盟盟主，母亲清衍静是浮屠古族的神女，在其年幼时为保护儿子和丈夫而被迫离开。从此牧尘立下誓言，将来一定要找回母亲。 在经历腥风血雨后，解救母亲，成为浮屠古族的族长。在万古会中，牧尘成功获得万古不朽身，跻身大千世界颠峰层次的存在之一，为了拯救大千世界的生灵，牧尘闭关五年后，突破出关超脱圣品，与炎帝“萧炎”、武祖“林动”合力对战天邪神。他们消灭了为祸人间的邪族，并以世界之力净化被域外邪族夺走的另一半的大千世界。最终，牧尘成功在苍穹榜上留下完整真名，并将其命名为"主宰境"，与萧炎、林动一起成为大千世界的守护者。
随处可见的普通高中生——柏树朝。有一天5个来自世界各地的女生转来了他的班级：爱生、阿米莉亚、卡琳、伊莉雅、梦华。尽管跟她们的初次相遇可是说是非常糟糕，但放学后不知为何她们全员向朝表白了。虽然一开始拒绝了她们的表白，但是听到少女们「没有其他地方可以去了」的心声，朝心一软开始了同居。然而从那以后朝的非日常生活开始了。朝每天被采取离奇举动的少女所折腾。以及发生在身边的、难以想象的、不可思议的事情。然而，在这种可以说是异常的日子里朝与这些少女打成一片，心灵相通。在忙并快乐着的日子开始不久的某一个夏日。朝与阿米莉亚、卡琳、伊莉雅、梦华4人来到海边度假。然而阿米莉亚等人在朝的面前突然消失，留下的只有沙滩上的脚印。朝也因此感到十分混乱。此时在朝面前出现的是并没有参加度假的爱生。记忆混乱之时，朝忘记了阿米莉亚等人的存在，在海边的别墅内与爱生过着二人世界。然而朝对这一切逐渐产生了违和感。爱生察觉到了朝的困惑，为了阻止他胡思乱想，爱生将朝带到了某个地方。在盛开的樱花树下，爱生向朝表达了自己的爱慕之情。然而完全想起阿米莉亚等人的存在的朝，向爱生询问了大家的去向。下一个瞬间，一阵强风吹过，回过神来，爱生的身影已经不见了。取而代之的是一名少女。5名少女就这样消失了吗？出现在朝面前的名叫「爱」的少女到底是谁？她们与朝复杂的过去即将揭晓。
