故事发生在一座民风淳朴风景秀美的小镇之中，曾经，天空上出现的巨大黑色圆盘令人们陷入了恐慌之中，但除此之外大家的生活却并未受到实质性的影响，世界依旧在照常运转着，久而久之，人们渐渐习惯了被圆盘笼罩的生活。
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卡特公司利用人工降雨散播致命病毒，世界沦为末日废墟。少数拥有病毒抗体的人类，成为卡特武装部队的猎杀对象。失忆少年林野在废墟中醒来，意外免疫病毒，踏上逃亡与觉醒之路。他结识同伴、组建抗体者联盟，从逃亡者蜕变为人类希望，最终摧毁卡特阴谋，终结灾难，拯救世界。
因为憧憬的前辈、摄影部部长牧之原的毕业，新任摄影部部长雨宫五月陷入了消沉。在朋友雾山杏的鼓励下，五月重新振作起来，购买了新的全景相机，却迟迟没有到货。发现卖家就在附近的五月和杏找到了学校附近的粗点心店，与漫画家秋山春乃相遇了。之后，摄影部与敷岛樱子的电影部合并，成为了“电影摄影研究部”（日语：シネフォト研究部），共同帮助春乃的漫画取材。
超级飞侠启程前往遥远的行星寻找可以修复超级空间站的特殊矿石“星核”。但在修复的过程中，星核遭遇撞击碎裂，碎片散落在世界各地。由于星核隐藏着巨大的能量，地球的动物收到星核的影响变得异常。乐迪、小爱以及伙伴们为了寻回星核碎片和消除星核造成的影响，将连同史前救援队和新的动物飞侠一起，去解决星核及金小子带来的种种困难。
