苍云界，仙魔两道相争不断。 徐长青出身青莲剑谷，一心想当剑仙，好景不长，苍月宫第九魔将入侵青莲剑谷，徐长青爷爷牺牲，徐长青获得“青莲帝剑”的认可，与第九魔将对抗不敌。后昆仑太白剑仙秋无涯赶到，击退魔门，将徐长青和牧紫熏带至昆仑。昆仑众真人想夺青莲帝剑，被秋无涯呵止。徐长青觉醒了自己的仙灵“混沌聚灵碑”，被秋无涯收作弟子。在仙剑大比中，徐长青击败夏青候夺得头冠，获得进入昆仑禁地的资格，为了找到能够复活爷爷的不老神泉，徐长青选择踏入凶险的昆仑禁地。
故事发生在彩玉大学的理科研究室内，冰室菖蒲（雨宫天 配音）和雪村心夜（内田雄马 配音）是在这里工作的两名研究生。某日，让心夜没有想到的是，自己竟然收到了菖蒲的告白。所为万事以科学为上的理科研究生，对于爱情自然也要用符合逻辑的证据去证伪，为了证明菖蒲对自己的爱确有其事有迹可循，心夜带领着整个实验室开始了对爱的实验。每天都像佣人一样被使唤来使唤去的解说员奏言叶（原奈津子 配音）、性格反复无常，过于以自我为中心的棘田惠那（大森日雅 配音）、表面看来是个不良少年，实际上却是个死宅的犬饲虎辅（福岛润 配音），陪着菖蒲和心夜进行爱情实验的是这些可爱的研究员们。
在很久以前,大地有一棵名为世界树的圣树,魔王札特为了得到世界树的力量.而不择手段,当时世界上的人民. 包括战士村的怪物.魔法森林的怪物,弓手村的怪物,以及后来因为战争而成了废弃都市的盗贼村.以及人类村的5条村的 人民奋勇作战,可惜,战斗途中,世界树选择了自毁重生,自毁后,把种子散步在世界各地,因为圣树世界树是这个世界的支柱.所以一旦毁灭掉的话就很麻烦,在战斗中途因为发生了意外,人类村的村民被其他村的村民误解,被排挤.说世界树的自毁是人类造成的,这只是故事的开端。 过了10年后...5条村分别由怪物和人类分开管理,因为种族的分歧,而不断修炼,祈求得到世界树种子的神秘力量统治枫之谷,札特军团死心不惜,也加入抢夺行列,主角阿鲁,是曾经参加保护世界树人类英雄的儿子,也因为他的心,也因为札特军团的各种手段,4条村终于和解了。
