苍云界，仙魔两道相争不断。 徐长青出身青莲剑谷，一心想当剑仙，好景不长，苍月宫第九魔将入侵青莲剑谷，徐长青爷爷牺牲，徐长青获得“青莲帝剑”的认可，与第九魔将对抗不敌。后昆仑太白剑仙秋无涯赶到，击退魔门，将徐长青和牧紫熏带至昆仑。昆仑众真人想夺青莲帝剑，被秋无涯呵止。徐长青觉醒了自己的仙灵“混沌聚灵碑”，被秋无涯收作弟子。在仙剑大比中，徐长青击败夏青候夺得头冠，获得进入昆仑禁地的资格，为了找到能够复活爷爷的不老神泉，徐长青选择踏入凶险的昆仑禁地。
上乃木遥（工藤晴香 配音）是一个普通的少女，从小她就拥有能看到幽灵的特殊体质。一日，一个名叫鸦（中井和哉 配音）的男子突然出现在了她的眼前，鸦告诉遥自己来自于15年后的世界，在那个时代中，世界被分割成许多的时空界，其中，最邪恶的香格里拉时空界一直妄图毁灭其他的时空界，而自己就是一直与之战斗的龙骑兵。他此次前来的目的是为了捕获可以确定未来的龙之转矩，而在现在，龙之转矩的所有者就是遥本人。
继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
