U.C.（宇宙世纪）0079年，人类向宇宙发展并建立了多个巨大的卫星，让人类能够居住在宇宙中。卫星的居民们不堪忍受地球联邦政府对其剥削和压迫，遂宣布独立，更组建军队与地球联邦政府决一雌雄。在战争中双方先后开发了机动战士并投入战场。NEWTYPE少年阿姆罗·雷无意中驾驶上联邦军新开发的机动战士高达，卷入后来被称为“一年战争”中，并与其宿敌夏亚·阿兹纳布尔相遇。
林昭，一个出身贫民区、命运多舛的少年，一场突如其来的意外让他陷入了植物人的深渊，生命之光似乎已黯淡无光。然而，命运的转折往往藏匿于最深的绝望之中，一次偶然的机会，林昭获得了一个前所未有的游戏内测资格，这款游戏不仅是他年少时的梦想所在，更隐藏着改变他命运的神秘力量
基因石能量渐渐恢复成基因石，且显露出更强大的力量、更多不为人知的秘密。反派势必不会轻易罢休，将以更强大的姿态卷土重来。但在艰难的挑战中，普力士等人仍看到了希望：宇宙中，分散著为数不明的「变形联盟战士」，这群代表正义的首领勇士若聚集起来，将会成为一股巨流，一起勇敢地为守护地球而战！
