宠兽时代，宠兽实力决定一切！战宠师们全都努力而缓慢提升着宠兽实力。直到一家神秘宠兽店横空出世！短短几天的培育，低等骷髅居然能一刀斩杀黄金巨龙？！看门土狗竟然身怀十大宠兽秘技？！看店打工妹甚至自称为神……至于老板苏平：将可爱萌宠培育成史前王兽，难道不是常规操作？
北域剑神沈追镇守人界北域八年，奉师命赴冀州履约成亲，本欲退婚寻找幼时救命恩人，却发现未婚妻正是苏清月。苏家众人轻视看似文弱的沈追，苏家又逢苏父重伤、权臣谋夺王位，内忧外患。沈追决意报恩相助，追查中揪出苏家内鬼，查获官员私通匈奴、邪修渗透的阴谋，亮出身份震慑各方，化解危机，也慢慢打动苏清月。
故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———所有的答案，都在「Link Vrains」中
