宠兽时代，宠兽实力决定一切！战宠师们全都努力而缓慢提升着宠兽实力。直到一家神秘宠兽店横空出世！短短几天的培育，低等骷髅居然能一刀斩杀黄金巨龙？！看门土狗竟然身怀十大宠兽秘技？！看店打工妹甚至自称为神……至于老板苏平：将可爱萌宠培育成史前王兽，难道不是常规操作？
继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
