故事发生在位于东京都的音乃木坂学院中，经济不景气，人口老龄化等等的社会问题让这所学校的招生成为了难题。找不到学生，学校只能关门大吉，就在这时，九名少女站了出来。这些对学校感情极深的少女们决定，要为了保护学校不被废校而做出努力。
青年顾野与天才黑客鹿晨遭鼎盛集团杀害，意外重生为黑猫与白鼠，发现对方正进行非法意识转移实验并夺取二人躯壳。为抢回身体、揭露阴谋，一猫一鼠组建动物情报网，闯地下斗狗场收猛兽，破克隆仓库，直捣空间站核心。途中揭穿慈祥老院长的幕后黑手身份，在克隆迷宫、高压毒气、十倍重力与意识深渊中死斗，最终夺回原装肉身，携林婉儿重返海港市。
身为前社畜的有人转生后担任起来路不明的职业『后卫』，但这原来是个能支援攻击与防御，还能补血的万能职业！在有人的身边也陆续聚集了转生前的美女上司（比他年纪还小）、充满谜团的亚人佣兵少女、身怀隐情的高等美少女剑士及个性鲜明的女性成员。不仅如此，『后卫』更拥有只要待在对方身后，就能让好感度直线上升的能力――!?最强的守护系辅助职业冒险物语，正式揭开序幕！
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
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一场突如其来的的灾难降临，到底是有预谋，还是被殃及无辜？阴谋和阳谋的交织，迷雾重重。男主的身世逐渐揭开帷幕，他想要成为强者，付出代价，忍常人所不能忍，逆袭之路就此开始。
