以虹猫蓝兔为首的七侠打败了魔教之后,森林大地眼看着恢复了和平，实际上却不得不面临一场更大的灾难。一颗陨星降落在蓝兔宫殿附近，蓝兔因此受到严重辐射而生命垂危，只有天狼门的金晶石才能救治。与此同时，鼠族的大祭司与鼠后则制定了一个阴险的计划:夺取传说中的全部五颗晶石，吸收陨星的能量称霸森林……
故事发生在彩玉大学的理科研究室内，冰室菖蒲（雨宫天 配音）和雪村心夜（内田雄马 配音）是在这里工作的两名研究生。某日，让心夜没有想到的是，自己竟然收到了菖蒲的告白。所为万事以科学为上的理科研究生，对于爱情自然也要用符合逻辑的证据去证伪，为了证明菖蒲对自己的爱确有其事有迹可循，心夜带领着整个实验室开始了对爱的实验。每天都像佣人一样被使唤来使唤去的解说员奏言叶（原奈津子 配音）、性格反复无常，过于以自我为中心的棘田惠那（大森日雅 配音）、表面看来是个不良少年，实际上却是个死宅的犬饲虎辅（福岛润 配音），陪着菖蒲和心夜进行爱情实验的是这些可爱的研究员们。
《晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
