顶级武者步惊云与聂风，为了应对一场将要席卷整个人间的浩劫，在无名前辈和神秘天外来客的帮助下变成量子态后，下落不明。三千年后，一颗小行星撞击地球，地表成为一片荒蛮的废土。 被困在地下的人类，逐渐发现在人体内存在著名为"脉能"的超能力量。 来自32号地下城的孤儿步天云，意外唤醒了沉睡在陨铁之中的步惊云，从此发现了自己体内的“脉能”潜力，并与聂风传人聂子风一起，走上了成为“脉能武者”的历练之路，为守护世界而战。
童桦和妈妈住在一幢大房子里，懂事的童桦很早就学会独立生活。一个叫濮今熙的女孩子闯入了他的生活，这使童桦极不习惯，他用尽一切办法与今熙斗智斗勇，想迫使其自行离开。但每一次，今熙总能应付自如，让童桦自讨没趣。随着时间的推移，他们慢慢由对立变成理解，开始包容对方，美好的青春故事由此展开新的一页。
乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
