《灵剑尊》是由索以文化制作的3D动画。根据同名小说《灵剑尊》和漫画《灵剑尊》改编。该动画讲述了落魄少年楚行云立志要改变现状奋发图强创造一片新天地的故事大梦一场，落魄少年立志要改变现状奋发图强创造一片新天地。珍奇异宝，功法武决，遗失的强者洞府，在这个天才辈出，充满挑战和机缘的时代，且看落魄少主如何闯荡大陆、遭奇遇，成为叱咤风云的至尊天帝。以前的仇人，现在，绝不会放过！梦中的遗憾，现在，一定要弥补！待到灵剑长啸之时，天地三界，我为至尊！
很久很久以前，位于天空的白之王国和位于地上的黑之王国，一边保持着〈均衡〉一边进行着〈循环〉。但在某一时刻，强大的暗之王出现了。暗之王在侵略白之王国的同时，为了讨伐眼中钉巴尔而提议结下盟约。光之王艾莉丝，相信了使者阿德尔所说的盼望〈均衡〉的言语而结盟。即使在遭到阿德尔袭击之后，艾莉丝仍然相信斩杀了阿德尔的暗之王子，并立下一同为世界带来和平的〈约定〉。但两人的〈约定〉却遭到暗之王的践踏。不只是白，就连黑也企图毁灭的暗之王。发觉这一点的暗之王子，在地底发出哀叹之后，得到了飞越天空的力量，前往艾莉丝所在之处。暗之王子在镇压暗之军势，向艾莉丝伸出手的同时，一个世界宣告了终结……
齐木楠雄（神谷浩史 配音）是一名十六岁的高中二年级学生，从一出生开始，他便是一名全能超能力者，几乎掌握了一切叫得上名字的超能力，这表面上让人无比羡慕的特质却让齐木楠雄的生活陷入了无聊的绝望之中，因为他几乎不用付出任何的努力，便可以为所欲为。于是，齐木楠雄封印了自己的超能力，致力于做一个默默无闻的普通人。
舞台是在某个国家的某个地区莫斯特城市。在陈旧大楼的二楼有一家发行《月刊妄想科学》的小出版社。《月刊妄想科学》是一本异想天开，报道“真是吓人一跳！”的事件、即使是科学家也会发出“要不行啦！”声音的超科学现象的科学杂志。工作人员只有帅哥主编兼编辑的塔罗·J·铃木。再加上小学生助手吉罗·田中和狗狗三郎。编辑部一直是空的，塔罗、吉罗和三郎都沉浸在同一栋大楼1F的咖啡馆《岩石（ROCK）》中。有一天，科学家戈洛·佐藤前来咨询，由此开始了一个异想天开的故事……。
