《灵剑尊》是由索以文化制作的3D动画。根据同名小说《灵剑尊》和漫画《灵剑尊》改编。该动画讲述了落魄少年楚行云立志要改变现状奋发图强创造一片新天地的故事大梦一场，落魄少年立志要改变现状奋发图强创造一片新天地。珍奇异宝，功法武决，遗失的强者洞府，在这个天才辈出，充满挑战和机缘的时代，且看落魄少主如何闯荡大陆、遭奇遇，成为叱咤风云的至尊天帝。以前的仇人，现在，绝不会放过！梦中的遗憾，现在，一定要弥补！待到灵剑长啸之时，天地三界，我为至尊！
里见孝太郎（中村悠一 配音）是一位看似再普通不过的高中生，居住在房租极为廉价的可乐娜庄公寓106号房间，过着平静的生活。令孝太郎再也没有想到的是，在某一天，他波澜不惊的生活会因为一位少女的出现而彻底遭到改变。少女名叫东本愿早苗（铃木惠理 配音），她的真实身份竟然是寄宿在106号房间的幽灵，在企图吓跑孝太郎的计划失败后，早苗开始渐渐习惯起了和孝太郎“同居”的生活。想和孝太郎争夺房间的可不止早苗一个，身材火爆的古文明末裔仓野奇莉华（田泽茉纯 配音）、不期而至的魔法少女虹野由莉佳（大森日雅 配音）、从外太空远道而来的皇女提亚蜜思林（长绳麻理亚 配音），这些接二连三出现的美少女们，每一个人都将106号房间作为了侵略的目标。为了保护自己赖以生存的廉价租房，孝太郎的“战争”开始了。
松田启人（津村真琴 配音）是一个热爱幻想的五年级男生，一次偶然中，启人捡到了一张神奇的卡片，这张卡片将启人带往了生活着数码兽的数码世界，在那里，启人遇见了基尔兽，此时的他并不知道，基尔兽将会是他一生中最重要的搭档和朋友。为了保护数码世界和数码兽，四圣兽之一朱雀兽接连不断的将帝魔送往人类世界，造成了危险和混乱，启人和好友牧野留姬（折笠富美子 配音）、李健良（山口真弓 配音）一起为了保护和平加入了战斗之中。不仅如此，朱雀兽还带走了掌握着数码兽进化关键的古乐兽，追随着古乐兽的踪迹，启人一行人闯入了数码世界，展开了大冒险。
