一场突如其来的神秘爆炸摧毁了X学院，X教授与Jean Gray失踪。镭射眼因此而意志消沉，领队的责任落在了野性的金刚狼的肩上。除了万磁王等一干强大敌人，金刚狼的过去也如幽魂般困扰着他。20年后，X教授从昏迷中醒来，看到的是一幅末日景象：巨大的机器人统治了世界，人类与变种人都濒临灭绝。X教授借助脑波机向现代的X战警传达指示：改变未来，拯救世界！ 事件的背后隐藏着怎样的真相？ 不请自来的白皇后又有何目的？ 金刚狼能否率领X战警力挽狂澜？
继之前的结论之后，在 Mewni 的土地上以及受影响者的世界中发生了更多的事情。
桃濑成海（伊达朱里纱 配音）表面上看来只是一个平凡的办公室小姐，但实际上，她是一个重度腐女。在工作场所中，成海极力隐瞒着自己的真实属性，扮演成为一个毫无特色的普通人，但一回到家中，她会立刻转换人格，徜徉在BL的海洋之中。成海非常非常的害怕被人发现的这个秘密，却在一次偶然中被名叫二藤宏嵩（伊东健人 配音）的男人给撞了个正着，更糟的是，这个男人是她需要朝夕相处的同事。
金无足天生异体能自由进出仙凡两界，在爷爷紫玄真人的指引下开设了一家专门面向神仙兜售凡间物品的代购店。金无足将现今多类新潮产品络绎不绝运入天庭，对仙家的传统生活造成了巨大冲击。金无足八面玲珑善于经营，陆续与二郎神、猪八戒、孙悟空等神话人物日益交好，开店闲暇之余还承接委托上天入地寻宝捉妖业务广泛，更是桃花运不断深受仙人妖魔各色女子青睐。某日金无足私带嫦娥仙子下凡游玩，没想到此举竟招来一段连环祸事……
所谓的“除妖”，即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天，被妖怪附体的高中生·芦屋花绘，依靠偶然发现的联络方式，来到了专门除妖的物怪庵，在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。由于某些缘故，芦屋就这样以物怪庵奉公人的身份开始工作……安倍与芦屋的除妖组合和妖怪们的物语就此开幕。
