缝在大脑上的线，俗称“记忆缝线”。1992年爆发了病毒性脑炎疫情，全靠这项医疗技术才得以平息，而到现在，它已经进化为了日常生活不可或缺的侵入式大脑信息终端。所见，所闻，乃至感情——在这个一切都会被记录下来的世界里，对重大犯罪案件进行调查时，需要特殊警探“电索官”来潜入记录的集合体“机忆”之中。天才少女埃缇卡·稗田，保持着成为电索官时的最年轻记录。但她也因为这样的天赋而走到孤立。正在此时，新的搭档，金发碧眼的人型机器人“人类之友”哈罗德，出现在她面前… 在最强的二人面前，一切秘密都将无所遁形！
随处可见的普通高中生——柏树朝。有一天5个来自世界各地的女生转来了他的班级：爱生、阿米莉亚、卡琳、伊莉雅、梦华。尽管跟她们的初次相遇可是说是非常糟糕，但放学后不知为何她们全员向朝表白了。虽然一开始拒绝了她们的表白，但是听到少女们「没有其他地方可以去了」的心声，朝心一软开始了同居。然而从那以后朝的非日常生活开始了。朝每天被采取离奇举动的少女所折腾。以及发生在身边的、难以想象的、不可思议的事情。然而，在这种可以说是异常的日子里朝与这些少女打成一片，心灵相通。在忙并快乐着的日子开始不久的某一个夏日。朝与阿米莉亚、卡琳、伊莉雅、梦华4人来到海边度假。然而阿米莉亚等人在朝的面前突然消失，留下的只有沙滩上的脚印。朝也因此感到十分混乱。此时在朝面前出现的是并没有参加度假的爱生。记忆混乱之时，朝忘记了阿米莉亚等人的存在，在海边的别墅内与爱生过着二人世界。然而朝对这一切逐渐产生了违和感。爱生察觉到了朝的困惑，为了阻止他胡思乱想，爱生将朝带到了某个地方。在盛开的樱花树下，爱生向朝表达了自己的爱慕之情。然而完全想起阿米莉亚等人的存在的朝，向爱生询问了大家的去向。下一个瞬间，一阵强风吹过，回过神来，爱生的身影已经不见了。取而代之的是一名少女。5名少女就这样消失了吗？出现在朝面前的名叫「爱」的少女到底是谁？她们与朝复杂的过去即将揭晓。
一觉醒来，夜北发现自己复活了，并意外获得一个寻回全部失落弟子的使命！时间已经过去整整三百年，夜北踏上征途，不顾艰辛，逐个寻回弟子，辛辛苦苦培养弟子们长大成人，一路共克艰难，面临危机迎难而上，拯救天下正道苍生
