在中、苗、公子开明、暗盟合力之下，杀魔之局，棋差一着，元邪皇再度现世，六绝禁地接连被破，九界灾劫逼在眉梢，俏如来众人该如何阻止千年之魔的脚步，挽救人世？沉于暗处的势力，蠢蠢欲动，他们究竟是正？是邪？而在海境，鳞王昏迷不醒，掀起了皇权变动，这将会带领鳞族走向何种未来，于此同时，远在东瀛，剑无极、西剑流、面对复仇的残忍联盟，亦将各自恩怨情仇中，开启新的篇章…
《明日方舟》主线动画官宣二期制作决定！副标题为 冬隐归路。
乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
