《狐妖小红娘》的故事围绕人与妖之间的爱情展开。根据古典小说记载，世上有人有妖，妖会与人相恋，妖寿命千万年，人的寿命有限，人死了，妖活着。人会投胎转世，但投胎以后，不记得上辈子的爱。妖如果痴情的话，就去找狐妖“购买”一项服务，让投胎转世的人，回忆起前世的爱。狐妖红娘这一个 角色就这样诞生，作品主要讲述了以红娘为职业的狐妖在为前世恋人牵红线过程当中发生的一系列有趣、神秘的故事。
舞台是在某个国家的某个地区莫斯特城市。在陈旧大楼的二楼有一家发行《月刊妄想科学》的小出版社。《月刊妄想科学》是一本异想天开，报道“真是吓人一跳！”的事件、即使是科学家也会发出“要不行啦！”声音的超科学现象的科学杂志。工作人员只有帅哥主编兼编辑的塔罗·J·铃木。再加上小学生助手吉罗·田中和狗狗三郎。编辑部一直是空的，塔罗、吉罗和三郎都沉浸在同一栋大楼1F的咖啡馆《岩石（ROCK）》中。有一天，科学家戈洛·佐藤前来咨询，由此开始了一个异想天开的故事……。
习得一身本事的巫医嫡传孙大为下山入世，没有天大的抱负，只想家人健康快乐，自己能够治病救人赚点小钱，却没想到总有麻烦找上自己，面对尘世种种诱惑纠葛，且看一个胖子如何扮猪吃老虎，并将巫医发扬光大。
在一片终日不见光明的大陆“琥珀之地”上，有一个神圣的职业——信蜂。在这片人工太阳照耀不到、蔓延着黑暗的危险之地，信蜂赌上性命也要为国民递送重要的“信件”。高修（福山润 配音）就是一名优秀的信蜂，这天他要送递的“信件”是一名叫拉格（泽城美雪 配音）的少年。拉格的母亲于某日被一群陌生人强行带走，拉格的母亲将他作为信件，送往外海小镇的婶婶家。运送途中，拉格为高修那颗坚强而温柔的心所吸引。因为崇敬高修，拉格决心要成为一名优秀的信蜂。12岁时他通过考试成为信蜂，却意外发现高修已经不再是信蜂，而且失去了“心”，下落不明。拉格踏上信蜂之路，递送着人们“心”和“希望”的信件，他要找到高修……
