《魔笛奇遇记》讲述了一个充满悬念的少年英雄冒险的故事，美国加利福尼亚威尼斯海滩上的一个十几岁的普通男孩，由于偶然的机会，成为了一份可怕遗产的继承人，这份遗产是一支已经沉睡了3000年并具有无限魔力的笛子。
现代研究生林凡为救人意外身亡，却与修仙界圣女齐紫霄互换灵魂，每隔三天被迫切换身份。一个用现代思维在修仙界推行会员制疯狂敛财，一个借凡人肉身在地球追凶破案、探索灵脉。两人隔空合作、互填大坑，既要隐藏身份，又要在一年后联手战胜圣子，才能改写联姻命运。而随着灵气复苏浮现，两个世界的秘密正悄然交汇。
叶罗丽仙境是一个平行世界，女王曼多拉统治着这里。因为人类大肆的破坏自然环境，威胁到了仙境的存亡与仙子的安危，曼多拉决定向人类世界发动战争。
佐伯丽奈（原奈津子 配音）是一名平凡的高中二年级女生，个性十分开朗活泼的她对世间的一切都充满了浓重的好奇心。朝比奈凉香（藤田奈央 配音）是丽奈的同班同学，一头利落短发的她，性格像男孩一样大大咧咧，不仅运动神经非常发达，成绩也常年霸占年级第一名的宝座。五十岚琉璃子（徳井青空 配音）是丽奈青梅竹马的玩伴，沉默寡言时常放空自己的她实际上拥有超强的灵感力，常常能看见别人看不见的东西。
