小咖带领神奇的咖宝伙伴再次出发，一起守护时空。在这一季中，来自宇宙的外星人们带来全新的危机与挑战，它们偷走红色制造城市大乱、吸收海水严重影响生态、抢夺动物危害自然生命，还为了得到黄金而夺走人类的各种资源，甚至还与捣蛋兄妹结盟四处作乱，小咖和咖宝们每一次都果断出击，化解各种危机，他们又回到过去拯救远古生命、维护时空稳定，对付偷猎者、盗窃集团、诈骗分子和黑心商人，以及守护人们、动物们的安全和快乐，时刻保卫身边世界的和平与安宁。
乃（本泉丽奈 配音）在学校里担任着历史老师的职务，拥有着可爱面孔温柔个性的她在学生之中拥有很高的人气，唯一不听她话还常常给她造成困扰的，是一位名叫久我宗二（白井悠介 配音）的男生。因为内向的个性，菜乃的感情生活到目前为止还是一片空白。在熟人的介绍之下，菜乃决定相亲。第一次和陌生男子见面吃饭，菜乃的心中充满了不安，所幸对方是一个温文尔雅又彬彬有礼的男性，在对方的引导之下，菜乃逐渐放下了疑虑，打开了心扉。事后，菜乃震惊的发现，让她小鹿乱撞的相亲对象，竟然正是变了装的宗二，不仅如此，宗二还在校园里对菜乃展开了热烈的追求。
因过去的心理阴影而以独自的别扭思考回路讴歌着“独自生活”的比企谷八幡，由于意外的事件而被生活指导担当教师平冢静带去“侍奉部”并加入其中。他和同社团所属的令人窒息的完美美少女·雪之下雪乃，以及班级上位阶级所属的时髦女子·由比滨结衣一同，从解决班上的人际关系问题到文化祭实行委员的运营，度过着解决各种案件的每一天。时至秋日，八幡等二年级学生前去修学旅行。此时，侍奉部接收到的委托究竟是！？随着新登场的一色彩羽的加入，他们的关系更加错综复杂。——八幡空虚的价值观也有了少许变化，在这些经验过后，他的高中生活又将迎来怎样的展开！？
