叶星云师傅羽化仙去，留下了一个势力庞大的天元神宗，叶星云成为了天元神宗新一任宗主，同时以狸猫换太子的手法，变成了一个小世家的子弟，隐匿其中，静待复仇的机会。叶星云踏上了一条无比凶险的路，但是凭借着自身的谋略，和天元神宗一众高手们的辅佐，纵横捭阖，运筹帷幄，对抗庞大的大周王朝。
文化枢纽守护者玉龙化身凌小玉，与伙伴羊光光、菲袅遭遇魔盗联邦入侵。反派为从根源摧毁龙文化，穿越至五千年前的凌家滩，主角团紧随其后却失去所有超能力。他们被先民误认邪灵，结识质疑祭司谎言的少年阿福。反派破坏龙脉引发天灾，蛊惑先民砸碎玉器、颠覆信仰。凌小玉的“维持秩序”与阿福的“揭穿谎言”双双失败，最终阿福牺牲自我唤醒龙脉，凌小玉放下执念与之共振击退反派。先民将二人形象雕成玉龙与玉人，成为后世凌家滩文物的由来。
大魔王吕树从青州遗迹归来，进京述职，等待着他的是全新的境外冒险，与天罗地网组织一道，吕树先后前往泰国和日本开始全新修行之旅。
三年前，勇者西昂·布雷德利用圣剑之力将地狱之门封印，人与恶魔的战斗得以结束。
