上世纪30年代末，古老的中华大地正经受着最为苦难的时刻。外有日寇铁蹄进犯，内有不同派别势力的斗争碾压，战火连绵，生灵涂炭。为了获取重要的情报，共产党方面派出周乙（张嘉译 饰）和顾秋妍（宋佳 饰）假扮夫妻，潜入哈尔滨的警察厅特务科。周乙被任命为特别行动队队长，但他的真实身份一直受到高科长（程煜 饰）的怀疑。
警视厅音乐队的雨野小梦（广濑爱丽丝饰），某天突然被派往“全领域异常解决室”，通称“全决”。来到外观像神社社务所一样的本部，见到了代理室长兴玉雅（藤原龙也饰）。据兴玉所说，“全决”是从大和朝廷时代开始就存在的世界最古老的搜查机关，是专门搜查超自然现象之类的“不可解事件”的内阁官房直辖机关。只有人的身体在某一天突然消失的“神隐”，像影子一样的黑色人形突然出现的“影子男”，特定的人陷入异常心理的“狐妖”等，两人组成搭档，挑战用现代科学常识无法考虑的异常现象。
一直希望靠小聪明获得成功的马进，事业和爱情屡屡受挫，甚至将自己的希望都寄托在他人身上。在一次公司集体活动中，一行人遭遇意外流落至荒岛，从此众人的命运发生了翻天覆地的变化。
在婚姻中长不大的男人，在第六次搞砸结婚纪念日后，被一台神秘计程车载往另一个平行时空，一觉醒来，老婆柯佳嬿竟成了好兄弟的同居女友，而他必须修补自己犯下的错误，才能回到原来的时空。
众人皆知移花宫宫主邀月（于莉 饰）美若天仙但心狠手辣，但宫女月奴（萧蔷 饰）却偏偏要挑战她的底线。她本以为和江枫（陈俊生 饰）私奔最惨不过是一死，但没想到，她那两个刚刚出生的婴儿却得到了比死亡还要悲惨的将来。邀月抱走了其中的一个取名为花无缺（苏有朋 饰），将另一个留给了江枫的结拜兄弟，名震江湖的大侠燕南天（林瑞阳 饰），她要让这两兄弟在不知情的情况下成为仇人，骨肉相残。燕南天查出义弟之死实为遭人陷害，愤怒的他一路追到恶人谷，却中了恶人们的埋伏武功尽失。恶人们收养了燕南天带来的婴孩，取名小鱼儿（林志颖 饰）。二十年之后，小鱼儿离开恶人谷进入了险恶的江湖，在与温柔可人的铁心兰（陈德容 饰）互生情愫之后又遇见了泼辣的张菁（李绮红 饰），而此时的花无缺也成为了一名武功高强的翩翩美少年，离开移花宫的他目标只有一个，那就是杀掉“仇人”小鱼儿。
