前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
少年陈枫，丹田如铁，无法修炼。唯有恩师不弃，不想师父被强者击杀，自此再也无人庇佑，受尽旁人欺凌。陈枫尽心守墓五年，却发现师父假死，发现师父遗留的至尊龙血，神秘古鼎。陈枫从此逆天崛起，踏上寻找师父，成为强者的道路。
新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
