天才高科技少年侦探狗十一，意外遇上拥有百变能力的系统魔方小白。二人肩负使命，踏上穿越时空之旅，只为修复错乱的地球时间线，解开世间各类未解之谜。他们穿梭古今、跨越地域，开启一场场惊险又趣味满满的科学冒险：奔赴巴黎夜幕，与传奇侦探福尔摩斯联手追捕神秘的开膛手杰克；探秘尼斯湖深处，追寻水怪的踪迹；穿越远古三星堆，破译古蜀文明隐藏的千古秘密；驾驶直升机勇闯百慕大三角，倾力寻找失踪亲人的下落。狗十一与小白深陷一桩桩趣味科学谜案，在时空现场并肩作战、守护城市安宁，一路破解谜题、化解危机，最终迎来与宿敌开膛手杰克的终极巅峰对决！
故事将衔接TV版第三季结局紫悦进化为天角兽加冕成新公主之后的生活。紫悦公主加冕后不久，水晶帝国的珍贵王冠被盗。为了找回王冠，她独自前往一个平行世界。
桐人为了调查枪与钢铁的VRMMO「Gun Gale Online」里所发生的“死枪”事件而登陆了该游戏。桐人将自己在ALO里的游戏转移到GGO里后，虽然遇上了乍看之下很容易被误认为是美少女角色的麻烦，但在经过狙击手少女诗乃的引导之后，顺利参加了决定最强枪手的PvP淘汰 赛“BoB”。桐人在这个被枪支配的世界里，成为了唯一使用光剑战斗，并不断在“BoB”里获胜的知名角色。他独特的战斗方式成为了玩家间讨论的焦点，知名度也不断上升。次日，隔天举办的“BoB”正式大赛开始了。在聚集了许多强敌的“多人大混战”中，“死枪”终于现出身影。死枪”究竟是什么人？ “虚拟世界”真的能对“真实世界”产生影响吗？桐人即将独自挑战“死枪”！
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有一天在美味小镇突然出现“儿童午餐主题公园・多莉米亚”。虽然由依一群人享受着饭团塔、面包摩天轮、拉面过山车等以食物为主题的游乐设施，但是玛丽变成布娃娃等等异变，都发生在园内……
