本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。
现代研究生林凡为救人意外身亡，却与修仙界圣女齐紫霄互换灵魂，每隔三天被迫切换身份。一个用现代思维在修仙界推行会员制疯狂敛财，一个借凡人肉身在地球追凶破案、探索灵脉。两人隔空合作、互填大坑，既要隐藏身份，又要在一年后联手战胜圣子，才能改写联姻命运。而随着灵气复苏浮现，两个世界的秘密正悄然交汇。
小豆与伙伴们继续踏上寻找散落灵宠的旅途。在感化了孤傲驭宠师齐麟、战胜了心魔危机后，小队在回归通道遭遇魔化联盟的终极伏击。小豆融合众人力量觉醒为“仙灵少女”击败强敌，却迎来了更大的世界危机……
