本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。
《迷你特工队之超级恐龙力量特别篇》讲述的是迷你特工队和想要侵略地球的汪汪海盗团之间斗智斗勇的故事。由于受到汪汪海盗团头目奇奇的欺瞒，海盗团行动队长波波和其他海盗团成员坚定地想要侵略地球，抢夺地球上的资源。但波波不小心流落在地球上了，并和迷你特工队以及地球上友善的人们展开了一系列的故事，过程中得到地球人的帮助，也感受到了地球人的真诚。最终波波识破了奇奇的阴谋，和迷你特工队一起战胜了奇奇的最强机器人。
