第二季承接第一季结尾剧情，男主角楚明在于琳琳婚礼上战胜江州最大的对手王家之后，在三个师姐和其他其他几大家族的帮助下终于达成了自己开宗立派的目标，实现了为七圣宗开枝散叶的第一步。为了给双目失明的五师姐兰馨儿祛除诅咒，楚明决定和众人一起找寻修行炼器一途的四师姐，取得宝鼎炼制解药。然而在目的地渝州，一个沉寂已久的邪修势力——巫死门正等待着他们，而巫死门正是害兰馨儿眼盲的罪魁祸首，目的是消灭所有七圣宗的传人，以报百年前的仇怨。
在青铜圣斗士与冥王哈迪斯的殊死决战中，为了大地上的爱和和平，已经去世的十二黄金圣斗士齐齐复活，用他们最后的信念与力量打通了叹息之墙，从而完成了自己作为女神的圣斗士的使命。不过黄金圣斗士的故事并未就此结束，狮子座艾欧里亚等人不知为何来到了北欧，与之邂逅的莉菲雅认为黄金圣斗士的出现是天神奥丁的旨意。此前安德烈亚斯•里瑟篡夺了希路达人间使者的职位，伙同七名神斗士复活世界之树，企图统治全世界。而另一方，黄金圣斗士们则希望尽快回到女神身边，与哈迪斯完成决战。这是一篇失落已久的故事，是另一段不容错过的传奇……本片是车田正美经典作品《圣斗士星矢》连载30周年纪念作品。
松田启人（津村真琴 配音）是一个热爱幻想的五年级男生，一次偶然中，启人捡到了一张神奇的卡片，这张卡片将启人带往了生活着数码兽的数码世界，在那里，启人遇见了基尔兽，此时的他并不知道，基尔兽将会是他一生中最重要的搭档和朋友。为了保护数码世界和数码兽，四圣兽之一朱雀兽接连不断的将帝魔送往人类世界，造成了危险和混乱，启人和好友牧野留姬（折笠富美子 配音）、李健良（山口真弓 配音）一起为了保护和平加入了战斗之中。不仅如此，朱雀兽还带走了掌握着数码兽进化关键的古乐兽，追随着古乐兽的踪迹，启人一行人闯入了数码世界，展开了大冒险。
