《本草中国》第二季延续以“本草”为核心要素，讲述的是本草的功能和用法。相对于第一季对本草药采摘、炮制、配伍的环节和流程展示外，第二季把“用药”作为故事的核心，通过本草把医生与患者的故事串联起来，呈现了四十余位以悬壶济世为己任的国医大师与中医药名老专家，展现他们令人叹为观止的医技和关乎生命的感人故事，充分彰显“大医精诚”的力量，渗透属于中国人的生命观、价值观和自然观。在独特的中国传统文化视角下，用传统中医药哲学“天、地、人”的思想统领全片，从而理解中医药中相互交织相互影响的伟大哲学命题内核。
在一个英雄的殿堂中，历代铠甲勇士齐聚。各个主角铠甲回顾自己与邪恶势力作斗争，捍卫人类，保护地球的传奇故事。炎龙侠带着五行的力量对抗来自暗影世界的异能兽，守卫着地球的生灵与繁荣；深谙天地人法合一力量的刑天铠甲，用勇气和坚定的意志击退了邪恶的力量，维护了地球的和平与安宁；在欧克瑟妄图统治世界的时候，拿瓦铠甲利用火、风、水、土的力量阻止了人间的生灵涂炭；来自未来的捕将铠甲，挫败了僵傀们一次次的阴谋，维护了世界的和平与正义。
30岁的过气女模特叶山南（山口智子 饰）在婚礼当天惨遭无良未婚夫卷款逃婚。当她怒不可遏的狂奔到未婚夫居所，只堵截到了无辜的室友濑名秀俊（木村拓哉 饰）——一个不得志的24岁钢琴家。身无分文又无家可归的小南对濑名威逼利诱，成为了他的新同居人。两人在同一屋檐下的生活磕磕绊绊 ，事业爱情也都不甚顺畅，渐渐竟生惺惺相惜之感。
该剧是《关于我和鬼变成家人的那件事》的衍生剧。一连串命案发生，陈尸现场被布置成怵目惊心的成语字谜，菜鸟小队长林子晴（王净 饰）联手刑警吴明翰（许光汉 饰）与正港小队，分秒必争解开杀人魔的致命谜题。
