《本草中国》第二季延续以“本草”为核心要素，讲述的是本草的功能和用法。相对于第一季对本草药采摘、炮制、配伍的环节和流程展示外，第二季把“用药”作为故事的核心，通过本草把医生与患者的故事串联起来，呈现了四十余位以悬壶济世为己任的国医大师与中医药名老专家，展现他们令人叹为观止的医技和关乎生命的感人故事，充分彰显“大医精诚”的力量，渗透属于中国人的生命观、价值观和自然观。在独特的中国传统文化视角下，用传统中医药哲学“天、地、人”的思想统领全片，从而理解中医药中相互交织相互影响的伟大哲学命题内核。
唐末年间，李清流是商界巨贾，此时他正在都城一间酒楼内展示自己的丝绸庄的金丝成衣，而在酒楼外，龙竹帮的老大龙傲一正在与欺压百姓的蛇帮进行一场殊死搏斗。这两人原本是没有交集的，但因为金线失踪案两人联手破案，李清流和龙傲一从双方身上都学到自己没有的东西。奸商陷害平民百姓流离失所，李清流是商界代表也被推到了风口浪尖，之后他皇子的身份也被揭开。李清流为了保护龙傲一和平民百姓只能进宫。龙傲一为了给百姓伸冤也进了宫，与李清流再次相遇，两人联手揭开真相，最终奸商的计划失败，都城再次回归平静，李清流和龙傲一也携手共度一生
该剧由十一个独立成章的故事组成，但主要人物又贯穿全剧，这样在整体上能够更加丰富、完美，又不使观众感到剧情拖沓。这十一个故事主要内容包括：粉碎越狱阴谋、捣毁 ...
苍寒聿为挽救挚爱南姒开启秘法重生，却必须背负此生无法与其成婚的惨痛代价。但两人不愿屈服于命运，誓要携手与所谓的天谴和诅咒斗争到底……
