故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了，小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了!在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。
由于时间公主时希的时间法术和御王黎灰的空间法术碰撞，带着叶罗丽仙境的仙子们一起进入了小朋友的内心世界。在这个充满童趣的玩具世界里，他们必须完成游戏和谜题，闯关成功才能回到原本的世界。另一边，每次整点报时，他们就可以从夹缝中回到现实世界，时希和黎灰通过四时钟看见了宇宙的奥秘，奇幻的星系、地球之外的天文世界瑰丽的展现
