故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了，小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了!在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。
“夜晚尚未结束” 光克服了成为吸血鬼的困惑，决定“喜欢”荠菜，而荠菜也决心要让光“爱上”她。在完全不理解“爱”为何物的他们看来，夜晚的节奏却加速了。计划杀死吸血鬼的侦探莺莺（Uguisu Anko）的手正在逼近。吸血鬼的弱点是“人类时期所依附的东西”。他们试图提前摆脱这个弱点，但荠菜却对她作为人类的生活毫无记忆。荠菜隐藏的过去是什么？为什么安子开始杀死吸血鬼？荠菜和安子之间又有着怎样的“秘密”？光、荠菜、安子……一个新的“夜晚”开始了，而它不会以一个快乐的“深夜”结束！
