前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
出生在偏远村落的希尔·菲尼克斯为了完成对母亲临终前的承诺，带上家族遗物龙骨水晶踏上了去往失落的国度寻找身世的旅程。 来到蛇骨之国的希尔，误入了四大家之一的赤骨家大宅，被蛇骨之国通缉，与赤骨家继承人光子
故事围绕现代道士谢罗展开，他少年时得武当山至高典籍天地大道书修炼，在武当、全真、茅山、龙虎山、蜀山道家五宗大蘸上冠绝年轻一代，被公推为当代道门天下行走。 谢罗的踪迹遍布各地，如北疆之行、东瀛之行等，面对各种邪恶势力，包括堕入邪道的修行者、神秘的降头师等 。在与各方势力交锋中，谢罗展现出超强实力，如使用金霄八极阵、天雷地火等法术，还经历了拍卖会竞价交锋、深入敌巢等情节 。还涉及谢罗的身世秘密、情感纠葛等，其母亲相关情节也逐渐浮出水面 。
