新纪元2045年，世界各个区域陆续出现“天罚”，被天罚影响的区域会变成游戏世界，男主李肖所在的地区也受到天罚，区域游戏化，他发现自己成为了玩家，区域结界内的大家纷纷继承了之前游戏中的部分能力，如御兽、RPG游戏、解谜类游戏、修仙游戏、格斗游戏等，各显神通，不做统一详细的等级能力划分。自此开始了一场末日游戏的冒险！
《命运石之门第二季》主人公冈部伦太郎经历无数的苦难，跨越了尽头悲哀的放弃了挽救“她”的世界线的故事。 失意至底的冈部伦太郎。 被“封印”的“凤凰院凶真”。 担心他的伙伴们。 新登场的角色们。 未被拯救的“她”到底怎么了？ 《STEINS；GATE》中没有登场的新的角色迎来被描绘的“0”的故事。 是的，那里的“她”现在也在——
“我被冥界拉黑了，所以死不了。”因为某种原因，他被冥界禁止入内，无法回归冥界。为了回到冥界，他开始将幽灵拥有的“灯火”收集到自己的灯笼里。这个神秘的“自称仙人”——鼹鼠（百暗桃弓木），行踪诡异。据说，遇到他的人会开始看见一些奇怪的事物……
