在《超迷你战士第六季：史前大冒险》中时间追溯到了原始时代，原始人正在遭遇各种各样的烦恼，而这些烦恼是被负能量所化的“烦恼精灵”造成的！发明超过500的女娃先知制造出了充满正能量的“超迷你战士”迷你勇和迷你萌，开始了以打败烦恼精灵为目标的史前大冒险！在冒险中他们不仅认识了强族先知和不那么平凡的原始人“阿焰”，还发现了烦恼精灵的惊天秘密，先知与超迷你战士是否能突破迷雾找到真相，打败烦恼，守护世界和平呢？
以水乡绍兴为背景，主人公机智可爱，剧情精彩纷呈，动画制作精良，歌曲清新婉丽，似缓缓展开的一轴绍兴特色江南画卷，吞吐千年文化之神韵。
故事发生在科技飞速发展的未来世界，彼时，人工智能机器人早已经不是罕见之物，正慢慢地融入人类的生活之中。高考落榜之后，十八岁的青年水柿司（内匠靖明 配音）在父母的帮助下来到了SAI社工作，SAI社的主要产品即是名为“Giftia”的人形智能机器人。水柿司被安排到了终端部门工作，来到办公室后水柿司才发现，这个部门的主要职责竟然是回收即将报废的机器人。在这里，水柿司结识了名为艾拉（雨宫天 配音）的少女，她其实正是一名机器人，艾拉外表冷漠不善言其，却有着意外可爱的一面。就这样，水柿司和艾拉成为了工作中的搭档，两人之间渐渐产生了真挚的友谊。
擎天柱派热浪、追踪、刀锋、巨石到狮鹫岛，让他们分别伪装成消防车、警车、直升机和推土机，帮助狮鹫岛的人民度过一个又一个难关。这个秘密起先只有查理伯恩斯警长知道，但是机灵的柯迪伯恩斯很快就发现了这个秘密，之后凯德伯恩斯、格雷伯恩斯和达妮伯恩斯也相继知道了援救汽车人的存在。但是为了不引起狮鹫岛人民的恐慌，他们一家以人类与机器人两两组合的 形式隐瞒了这个惊天的秘密。之后，援救汽车人和伯恩斯一家从互相排斥，到通力合作，守护狮鹫岛人民。其中，由于援救汽车人的自我意识，引起了许多啼笑皆非的有趣故事。
