遥远未来，世界人口数在迎来巅峰后，开始呈现下降的趋势。人类为了让物种繁荣存续，制作出管理生态系的AI，并执行「人类多样化实验」。常人、兽人、魔族等经过遗传因子改造诞生的「多样人种」，在环绕高壁的生活圈之中，打造出被称作「CLUSTA」的「多样城镇」。有着丰富人口的「CLUSTA」，在各地都有不同的文化发展以及适合在地生活的人类居住。
卡特公司利用人工降雨散播致命病毒，世界沦为末日废墟。少数拥有病毒抗体的人类，成为卡特武装部队的猎杀对象。失忆少年林野在废墟中醒来，意外免疫病毒，踏上逃亡与觉醒之路。他结识同伴、组建抗体者联盟，从逃亡者蜕变为人类希望，最终摧毁卡特阴谋，终结灾难，拯救世界。
