“我是想要让我成为同伴之人的同伴。仅此而已！”失去了过去的记忆，平稳地生活着的高中生·黑井宗矢。某天，他的城市突然遭到神秘的巨大兵器“星云兵器”的袭击。宗矢与长得像猫的“老师”和哥特萝莉银子一起被卷入战斗当中，但——没想到对手竟然是保护城市的7位英雄！隐藏在宗矢记忆中的战斗理由究竟是？
超级飞侠启程前往遥远的行星寻找可以修复超级空间站的特殊矿石“星核”。但在修复的过程中，星核遭遇撞击碎裂，碎片散落在世界各地。由于星核隐藏着巨大的能量，地球的动物收到星核的影响变得异常。乐迪、小爱以及伙伴们为了寻回星核碎片和消除星核造成的影响，将连同史前救援队和新的动物飞侠一起，去解决星核及金小子带来的种种困难。
