心灵部队和克拉克总统的政府发现了埋藏在地球太阳系中的暗影飞船，并开始利用这些飞船的先进技术。克拉克政府的排外主义和极权主义日益盛行，并以军事事件为借口宣布戒严。这引发了火星的独立战争，而火星长期以来与地球的政治关系一直紧张。巴比伦5号也宣布脱离地球独立，其他几个地球联盟的外围殖民地也宣布独立。作为回应，地球联盟试图用武力夺回巴比伦5号，但在与空间站结盟对抗日益增长的暗影威胁的明巴利人的帮助下，这次进攻被击退。
警视厅音乐队的雨野小梦（广濑爱丽丝饰），某天突然被派往“全领域异常解决室”，通称“全决”。来到外观像神社社务所一样的本部，见到了代理室长兴玉雅（藤原龙也饰）。据兴玉所说，“全决”是从大和朝廷时代开始就存在的世界最古老的搜查机关，是专门搜查超自然现象之类的“不可解事件”的内阁官房直辖机关。只有人的身体在某一天突然消失的“神隐”，像影子一样的黑色人形突然出现的“影子男”，特定的人陷入异常心理的“狐妖”等，两人组成搭档，挑战用现代科学常识无法考虑的异常现象。
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唐末，监察御史利中汉因查处贪官，招致满门抄斩，夫人利嫂携家眷随流民南迁。他们渡过黄河、鄱阳湖，翻越五（武）夷山，来到闽、粤、赣交界的葛藤凹。贪官之子过猛，听信宦官田令孜谗言，将利家当成杀父仇人，追到葛藤凹，伺机复仇。利家及南迁汉人在生产和生活中，与当地山民发生了严重的冲突，也由此产生了深厚的感情。洛生与十七娘几经波折，终成眷属。过猛拼死追杀利嫂，反被利嫂相救。因伍茂唐和二愣曾事黄巢，葛藤凹遭到唐军兵剿。汉人和山民团结一致，同仇敌忾，击退唐兵。利中汉死谏唐皇李晔。李晔收回成命，赐葛藤凹以万民，让客迁汉人在那里繁衍生息，薪火相传。
1949年初，平津战役以北平的和平解放圆满落幕，国民党的势力已成强弩之末，颓势立现。而我军乘胜追击，准备对盘踞江南的国民党残余势力发动渡江战役。镇守江南古城临江的城防司令陈怀远（孙淳 饰），是左右局势的一枚重要棋子。在这小小的古城内，情报站和间谍战连番上演。桂系白崇禧派来特工李曼娥（蔡文艳 饰）秘密潜入，时刻拉拢陈怀远；保密局头目毛人凤增派出手下的王牌特工“七月蜂”张弛（樊志起 饰）监视陈怀远，同时牵制桂系的力量。江北方面，中共也接连派出地下党积极开展策反工作。家国大义之下，爱怨情仇的故事也接连上演…
故事讲述了空降未成年人检察部的主任雷旭（张译 饰），与未检检察官都子瑜（秦岚 饰）、书记员杨甜（徐帆 饰）、法警徐张荔（王真儿 饰）、及检察官助理刘柳（邹元清 饰）在办理未成年人案件的同时，深掘案件背后的真相，同心呵护少年、以爱浇灌未来的故事。
该系列的灵感来自 GK 切斯特顿的故事；一位天主教神父很擅长解决他所在的英国村庄的谜团。
