心怀对同伴的思念，向自己所相信的道路前进！经历了与黑暗公会“冥府之门”的激斗，以及与养育之亲“火龙伊格尼尔”的悲哀离别，纳兹为了变得更强而与伙伴哈比一同踏上修行之旅。另一方面，“妖精的尾巴”会长马卡洛夫突然下达了公会解散命令，自己也隐藏了行踪。此后约1年，露西一边做着见习记者的工作，一边收集着散落大陆各处的旧时同伴的情报。之后，在一年一度的“大魔斗演武”进行取材的某天，结束了修行的纳兹出现在露西面前！宣告魔导士公会“妖精的尾巴”的复活，怀着同样的信念，纳兹、露西、哈比的寻找同伴之旅开始了！！
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
人族领地遭到灰猿人族和猪人等亚人种入侵，战乱时代持续不断。拉格村的少年·凯为了守护村庄，每天都在战斗中度过。在被称为“加护者”的强大力量持有者的严酷战斗中，伙伴们接连倒下，而自己却突然回忆起本不该经历的不可思议的记忆。那是比这个世界更先进的文明技术和人们生活的知识。然而，原本只是一个普通村民的凯，不久后将被卷入巨大的考验之中。在残酷的世界中，一位少年的战斗与成长的壮丽奇幻故事在此展开。
