以「魔女」备受景仰的城市为舞台。背负着棺材的男人与双眼有如野兽的少女在此现身，他们追寻的猎物唯有「魔女」而已。当邪恶的「魔女」碰上飢饿的「野兽」，华丽又激烈的战斗就此揭开序幕！
魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
某一天，都市中突然出现了无数诡异扭曲的怪物，这些怪物会用会在晚上攻击或者扭曲影响普通人的心智，让他们变得类魔化
这里是，“人”“神”“魔”各个种族混杂在一起的神秘世界密斯塔尔希亚。快活的玛娜莉亚王国公主“安”，内向的龙族公主“格蕾尔”。自两人的相遇之后，玛娜莉亚魔法学院的生活开始了。
环境恶化导致了自然灾变，原有的世界秩序陷入混乱。贺将年少时便跟随父亲贺长风在新萨科城开卡车谋生，东邦流民在优人恐怖组织的压迫下艰难生存，忍无可忍之下，她决定带领乔七、刘战等东邦人兄弟一起奋力反抗。
