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成功营救药老后，重伤的萧炎被带回星辰塔闭关。得益于三千焱炎火和星辰之力的修复，沉睡了一年的萧炎终于苏醒，并晋升为斗尊。为了修复药老的本源魂气，萧炎决定前往远古时期斗圣留下的遗迹。然而，无数势力都觊觎此地的天阶斗技和斗圣骸骨，在遗迹未开启之前，已经有多方势力汇聚于此，所有人都想分一杯羹。与此同时，魂殿的威胁也迫在眉睫，萧炎唯有火中取栗，方可博得一线生机。
小智（松本莉香 配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师。在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇 配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡丘给这位失落的年轻人。于是，他们俩便踏上了精灵宝可梦的旅程。
