叶苍玄，举世无双炼体老祖，向诸神发起挑战。然而只差最后一步时，不幸在十万天劫中身毁陨落。数年后，叶苍玄再次苏醒，回到曾经的故乡，凡界沧州。两千六百多年未回，这里早已物是人非。
云霄兵败黄河阵，亲人亡故、自身被囚麒麟崖，截教死伤惨重。濒死时绑定沐辰系统，得丹药重生，立誓复仇元始。她营救闻仲、斩杀云中子，依托商朝气运蛰伏，西岐一战诛杀龙吉，接连重创玉虚金仙，奇袭昆仑焚毁玉虚宫。界牌关通天摆诛仙阵力敌四圣，云霄汜水关证道圣人。通天遭玉帝暗算离世，云霄融合两大绝阵，斩杀二圣、废除封神榜，执掌截教复活同门，扭转封神劫数。
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
