自有人类以来，“污秽”就不断的现身骚扰着人世间的安稳和宁静，为了对抗污秽，一群名为“阴阳师”的人们勇敢的站了出来，加入到了战斗之中，用他们的智慧和勇气守护着人类。少年焰魔堂辘轳（花江夏树 配音）立志要成为史上最强阴阳师，却因为一场悲剧的发生而意识到灾难的不可逆转，遂放弃了理想，沦为路人。
从忍者村逃出的女忍者佐藤子在都市中晕倒，被路过的女高中生木叶所救。然而，这只是暂时的，因为佐藤子被村里的追捕者发现了。然而，木叶却轻松击败了追击者。 ……她的真实身份，竟然是杀手！一个天真的女忍者和一个刺客女高中生开始了她们危险的生活！
沧元界妖邪作乱，人族饱受摧残，主角孟川自小立下为母复仇的誓言，以镜湖道院为起点，凭借坚毅无畏的心志与利落果决的刀法身手，惩处奸恶，溃灭妖族，登顶四大道院，名满东宁府，拜上元初山，成就一代神魔。
