《金田一少年事件簿R第二季》讲述名侦探金田一耕助的孙子金田一一和青梅竹马的好友七濑美雪等人解决一个个疑案的故事。金田一少年事件簿R改编自天树征丸原作，漫画家佐藤文也作画的著名长篇推理漫画「金田一少年事件簿」。
醒来时，我发现自己身处一片陌生的森林。这里仿佛是我从未涉足的奇幻世界。环顾四周，到处都是可怕又奇异的怪物。当我看向自己时，我看到了……等等！我转生成了一颗蛋？！虽然我可以进化成龙，但似乎我必须狩猎怪物、提升等级才能破壳而出。我根本没法战斗！毕竟我只是一颗蛋啊！我好不容易进化了，可遇到的那些人类却把我当成了“怪物”。我只想和人类成为朋友！我总是处境艰难！
与七大不可思议中的第七号、“厕所的花子”中的花子君结下不解之缘的少女：八寻宁宁。驱魔师一族的少年：源光。两人与花子君一起，为了将发生异变的七大不可思议以及怪异的传闻恢复原状，每日奔忙不停。忽一日，花子君说道：七大不可思议中出了背叛者。宁宁等人为了找出背叛者，开始逐一摧毁七大不可思议的依附物。他们已经摧毁了第二号“岬的楼梯”以及第五号“16时的书库”，剩下包括“厕所的花子”在内的五个…而在暗中，花子君的弟弟司，召集了七峰樱、日向夏彦、以及新成为七大不可思议第三号“镜地狱”的三叶，接近了宁宁等人尚未找到的七大不可思议……
