《金田一少年事件簿R第二季》讲述名侦探金田一耕助的孙子金田一一和青梅竹马的好友七濑美雪等人解决一个个疑案的故事。金田一少年事件簿R改编自天树征丸原作，漫画家佐藤文也作画的著名长篇推理漫画「金田一少年事件簿」。
虽然出生完全是个谜，但后来被称为“米娜莱”的主人公。 被恩人“大叔”带来的是一家名为“全力工务店”的建设公司。 全力工务店的成员都很有个性，刚开始米娜·莱也想不起来自己，但她却成了现场的学徒，不顾一切地全力工作。 那个姿势不久就得到前辈们的认可，不知不觉中成为了超越职场的重要存在。
令和末期，日本因全球核战影响走向衰败，大量难民涌入，更严重的病毒、大地震、苛政与饥荒接连发生，引发民众暴动，国家体制崩溃，人口锐减至原来的十分之一以下，文明水平倒退至明治初期，并分裂为“大和”“武凰”“圣夷”三国。约一百年后，大和历56年，生于爱媛郡的少年三角青辉登上历史舞台，一段以日本再统一为目标的时代故事由此展开。
在一个自然保护区的废弃护林员小屋中，住着一只大灰熊，和人一样享受着各种现代设施。然后来了一个大家族——一大群旅鼠们，也搬进了小屋，从此和大灰熊产生了各种爆笑故事。
故事发生在原本美丽和平的魔仙世界中，现在，这里已经很久很久没有传出过音乐声了。魔仙女王姬丝美莎的童年玩伴美乐蒂失踪了，也许消失的音乐和美乐蒂的失踪有着千丝万缕的关联。姬丝美莎派出了魔仙堡的小蓝，还有双子星公主贝贝以及美琪、美雪等人来到人间寻找最美丽的音乐“梦幻协奏曲”，同时答应美乐蒂的情报。
