女娲使用光明之土造出了率真善良，豪爽正义的龙娃。又用光明之水造出了英姿飒爽，温柔可爱的凤娃，龙娃和凤娃视女娲为他们的母亲。天空中出现了巨大的黑洞，整个人界即将面临灭顶之灾，女娲煮化了五色石，试图填补漏洞，却将龙娃和凤娃也封印在了天上，从此母子被迫分离。伤心的女娲日日思念自己的孩子们，流出的眼泪汇聚在大地之上成为了黄河。
野原新之助今年5岁，是一个人小鬼大的小孩。他喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗小白。小新的妈妈美冴是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经
故事以18世纪的欧洲为舞台，在当时的意大利某小镇上，有着日本血统的孤儿天马和喜爱绘画的亚伦是一对挚友。某日亚伦受到大圣堂的神父 ( 睡神修普诺思) 的指引，去到一处被称为“地面上的极乐净土”的地方寻找“真实之红”。在那里亚伦遇到了一个叫“潘多拉”的神秘少女，自此亚伦的身体开始发生了变化。
继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
