天地与我并生，万物与我合而唯一！白小南因具备强大的炼器才能，被炼器系统选中。为了让青梅竹马的陆灵可能够重新站起来，走上了系统拥有者的变强之路。
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
Kinderwood 的同学们包括：永远充满好奇心和想象力的奥利弗；害羞但注重细节的菲菲和她可爱率性的弟弟卢普卢普；安静的观察者 DD，用音乐表达自己；以及时尚外向的利多。这些“幼儿园小朋友”们一起探索和学习他们独特的环境，通过调查、尝试新事物、犯错、运用创造力等等。Kinderwood 的课程注重培养友谊、同情心和解决问题的能力。
在现实中，坂本龙太（本乡奏多 配音）是一个个性孤僻沉默寡言的宅男，但在网络游戏“BTOOOM！” 里，龙太则化身成为了实力超强的世界级玩家。令龙太意想不到的是，在某一天，本该属于虚拟世界中的厮杀蔓延到了现实世界里来，连他在内的数十位男女被某个神秘组织强制带往了一个荒岛上，在那里，进行着与网络游戏同名的真人游戏。为了生存，龙太必须利用自己的能力同素不相识的陌生人们战斗到底。金发碧眼的少女卑弥呼（三森铃子 配音），曾经的好友织田信隆（中村悠一 配音），狡猾残暴的今川义名（奈良辙 配音），有着双重人格的吉良康介（泽城美雪 配音），他们为何会被卷入这场游戏？又是谁在背后操控着大局？一切尚在迷雾之中。
