天地与我并生，万物与我合而唯一！白小南因具备强大的炼器才能，被炼器系统选中。为了让青梅竹马的陆灵可能够重新站起来，走上了系统拥有者的变强之路。
故事的舞台设定在一个充满奇幻色彩的异世界，这里人、鬼、妖、仙并存，各方势力错综复杂。
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
