自从连接异次元与当前世界的通道“门”突然出现后已过去十余年，世界上出现了被称为“猎人”的，觉醒了非凡力量的人们。某一天，遭遇了隐藏在低级地下城中的高级双重地下城后，身受重伤濒临死亡的水篠旬面前出现了神秘的任务窗口。死到临头，决定接受任务的水篠旬，成为了唯一能够「升级」的人——
故事发生在神世纪300年，主要讲述结城友奈是初中2年级学生，她天天在学校里过着与很多朋友一同听课、进行社团活动、玩耍的平稳生活。不管怎么看这都是非常普通的女孩的生活日程，但是只有一点与其他孩子决定性不同的地方，那就是她所属的名为“勇者部”的社团活动。以部长犬吠埼风为中心的该社团的活动内容与被谜团包围的叫做Vertex的不可思议的存在有关系，本作正是以描写友奈等人的“勇者部”的活动为主。
