自从连接异次元与当前世界的通道“门”突然出现后已过去十余年，世界上出现了被称为“猎人”的，觉醒了非凡力量的人们。某一天，遭遇了隐藏在低级地下城中的高级双重地下城后，身受重伤濒临死亡的水篠旬面前出现了神秘的任务窗口。死到临头，决定接受任务的水篠旬，成为了唯一能够「升级」的人——
新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
