第二部剧情自力石死后矢吹丈终于东山再起开始，到原作的最后与孟德萨拉之战中，矢吹丈“化为白色的灰烬”结束
混杂于群众之中，以人类的肉为食。拥有人类的形态，却与人类不同的存在……“喰种”。在对“喰种”进行驱逐、研究的“CCG”，曾经率领“Quinx”小组的喰种搜查官“佐佐木琲世”。他正是行踪不明的眼罩喰种“金木研”。另一方面
某天，鱼从海洋中消失了。水产省启动了很早以前就开始筹划的 “宇宙鱼塘”的试验运用。尾道设立了“尾道宇宙渔业团”，并培育出了宇宙渔师。近年来，随着男女雇用机会均等法的强化，“女性也可以成为渔师”的呼声高涨，在这种状况下，6名新进宇宙渔师候补生被选拔出来。舞台是尾道，目标是宇宙。这是描写以宇宙渔师为目标的6人成长的故事。
