末世降临，流浪的秦枫占领了一片能自己长出武器和弹药的神奇农场。他救下了被曙光基地赶出的灵岚、阿青、小禾三个女孩，面对曙光基地篡位者赵海和铁壁基地独裁者霍振武的侵略，秦枫等人依托神奇农场的出产，一次次将敌人打退。不但粉碎了坏人们夺取农场的阴谋，更是联合星云基地击毙了霍振武和赵海。最终，秦枫带领三个女孩回到曙光基地，从此农场也不再种植武器而成了人类复兴的火种。
暴雪天微服出访的楚渊，偶然发现流放官员陆长风所建黑石堡，堡内地暖、温室、平价医馆等工业设施让他惊叹。二人查出首辅联合总兵垄断煤炭、制造京城煤荒的阴谋，总兵随即率军围城灭口，楚渊与掌握工业基建、心怀百姓的陆长风联手，共抗奸佞大军。
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
