初入职场的秦明（张耀 饰）为了调查母亲遇害的谜团时意外被卷入一宗凶杀案，因此结识了安然（汤敏 饰）、林涛（彭楚粤 饰）、环环（马昕墨 饰）等一众法医和警员。剧中每一个案件背后都是一个社会话题，每一个案件独立却又与一个巨大阴谋有着千丝万缕的联系。剧集根据《法医秦明》系列的第一部作品改编。
乌龙寺住持圆慧以及珍贵的《九阴真经》无故失踪，之后，圆慧的胞弟紫微真人（王华 饰）成为了当朝国师。小和尚开心（曹骏 饰）被调至乌龙寺担当住持，阴差阳错之下认了平日里四处招惹是非的小混混百搭（陈天文 饰）做他的师叔，两人捣鼓出的动静常常将寺中掌管戒律的铁空气得半死。当今皇帝昏庸无能，手握大权的紫微真人企图谋权篡位，深受其害的皇后为了终结国师的阴谋，秘密派出宫女梅香去乌龙寺找开心，寻求他的帮助。然而，当开心抵达京城之时，紫薇真人早已得势，一手遮天，而单纯善良的开心则在无意之中中了国师的奸计，身负重伤。
